Urodził się 3 marca 1877 r. w Klonie. Był synem stolarza Wilhelma i Ewy Sadłowskiej. Przy ojcu uczył się stolarstwa. W tym okresie zajmował się też propagowaniem czytelnictwa polskich książek i gazet. W latach 1895 – 1898 uczył się zawodu i pracował w głębi Niemiec. W Metzu odbył służbę wojskową. Na Mazury wrócił w 1900 r., prowadził wówczas warsztat stolarski ojca. W 1901 r. ożenił się z Marią Bogumił z Zawojek. W 1905 r. ponownie wyjechał do pracy w kopalni w Westfalii. Zaangażował się tam również w pracę społeczną. Pełnił funkcje skarbnika, sekretarza i przewodniczącego Związku Górników Zjednoczenia Zawodowego Polskiego. Przed I wojną światową podjął współpracę ze szczycieńskim “Mazurem”, w którym zamieszczał artykuły pod pseudonimem Jonek z Buku oraz z Mazurską Partią Ludową. Zaangażował się w kampanię wyborczą Zenona Eugeniusza Lewandowskiego, polskiego kandydata do Reichstagu. Działał również w Narodowym Stronnictwie Robotników w Westfalii. W trakcie I wojny światowej służył w armii niemieckiej. Z wojska zwolniono go w 1917 r. z powodu odniesionych ran. Po zwolnieniu pracował w kopalni. W 1918 r. reprezentował Związek Górników w Radach Robotniczych.
W czerwcu 1919 r. wrócił na Mazury z zadaniem przygotowania dla polskiego wywiadu raportu na temat sytuacji plebiscytowej. W lipcu został aresztowany w Świętajnie i uwięziony w Królewcu. Jednak z braku dowodów zwolniono go. W listopadzie został wydalony z Mazur. Zamieszkał w Toruniu. W lutym 1920 r. został przewodniczącym Głównego Komitetu Pomocy Plebiscytowej Narodowego Stronnictwa Robotników na województwo pomorskie w Toruniu. W tym czasie podpisał odezwę do Mazurów i Warmiaków namawiającą ich do głosowania za Polską i opublikowaną w prasie pomorskiej. Pracował jako sekretarz Związku Zawodowego Robotników i Leśnych. W maju 1920 r. kandydował w wyborach uzupełniających do Sejmu Ustawodawczego. Był radnym miejskim w Toruniu. Pełnił również funkcje sędziego pokoju oraz skarbnika Zarządu Wojewódzkiego Narodowej Partii Robotniczej. W roku 1924 przeprowadził się do Nowego Miasta Lubawskiego, gdzie pracował jako dyrektor Kasy Chorych. W 1930 r. przeniósł się do Lubawy, gdzie pracował w biurze adwokackim, a następnie prowadził własne biuro porad prawnych. W 1938 r. został odznaczony Medalem Niepodległości. We wrześniu 1939 r. został aresztowany przez gestapo. Wysłano go do pracy w gospodarstwie pod Iławą i Łęgowa koło Bydgoszczy. Jednak z powodu złego stanu zdrowia został zwolniony. Po ponownym aresztowaniu został wysłany na roboty do Grudziądza. Tym razem zwolniono go również z powodu złego stanu zdrowia.
Od 1940 r. przebywał w Biłgoraju, gdzie w 1941 r. rozpoczął pracę w Powiatowej Grupie Rzemiosł. Po wojnie wrócił na Mazury. Był członkiem Stronnictwa Ludowego. Od 1946 r. pracował w Ubezpieczalni Społecznej w Szczytnie. Pełnił również funkcję przewodniczącego Powiatowej Rady Narodowej. Starał się walczyć z nadużyciami wobec ludności mazurskiej. W listopadzie 1948 r. oskarżono go o to, że deklarujących polskość Mazurów wysyłał do Niemiec. W rzeczywistości Jan Lippert i Gustaw Leyding pomagali wyjechać tym, którzy żadnego związku z Polską nie czuli i nie byli w stanie wytrzymać na Mazurach z powodu wyjątkowo ciężkich warunków życia miejscowej ludności. Wielu z tych Mazurów zmuszono do określenia się jako Polacy. Władzom chodziło o pozbycie się działaczy mazurskich, a oskarżenie było tylko do tego pretekstem. Na posiedzeniu PRN w Szczytnie, powołując się na artykuł opublikowany 15 listopada w “Życiu Olsztyńskim” i wyjaśnienia przedstawiciela Powiatowego Urzędu Bezpieczeństwa Publicznego, złożono wniosek o wykluczenie Lipperta. PRN usuwając go ze swego grona uzasadniła to jego przestępczą działalnością na szkodę państwa polskiego. Lippert spędził siedem miesięcy w więzieniu. Po zwolnieniu z aresztu Wojskowa Prokuratura Rejonowa w Olsztynie prowadziła śledztwo dalej. Jan Lippert zmarł 20 lipca 1951 r. w Szczytnie. Wyrządzone mu krzywdy naprawiono częściowo dopiero po 1956 r. W 1958 r. wdowa po Lippercie otrzymała po nim rentę. Jego imieniem nazwano też jedną z ulic w Szczytnie.